Thông tư 89/2026/TT-BTC do Bộ Tài chính ban hành (có hiệu lực từ ngày 01/07/2026) đã tạo ra bước ngoặt lớn trong công tác quản lý thuế. Văn bản này chính thức thay thế Thông tư 80/2021/TT-BTC, mang đến cơ chế cải cách hành chính mạnh mẽ nhằm gỡ khó cho cộng đồng doanh nghiệp. Một trong những điểm mới đột phá nhất thu hút sự chú ý của giới kế toán – tài chính chính là quy định mở rộng phạm vi các trường hợp người nộp thuế được điều chỉnh biến động nghĩa vụ thuế ngay trên Tờ khai thuế GTGT (Mẫu 01/GTGT) kỳ hiện tại mà không phải bổ sung hồ sơ khai thuế cho kỳ gốc.
Việc bãi bỏ thủ tục kê khai bổ sung cho hàng loạt nghiệp vụ phát sinh hàng ngày giúp tiết kiệm thời gian, tối ưu hóa chi phí tuân thủ và hạn chế tối đa rủi ro bị phạt hành chính do sai sót vô ý. Nhằm giúp doanh nghiệp chủ động cập nhật và thực hiện đúng quy định, bài viết dưới đây sẽ phân tích toàn diện, chi tiết các trường hợp không phải bổ sung hồ sơ khai thuế theo quy định mới tại Thông tư 89/2026/TT-BTC.
Table of Contents
1. Tổng Quan Về Điểm Mới Trong Khai Bổ Sung Thuế GTGT
Trong các giai đoạn quản lý thuế trước đây (đặc biệt dưới thời Thông tư 80/2021/TT-BTC), mỗi khi doanh nghiệp phát hiện ra sai sót về hóa đơn đầu vào, điều chỉnh chiết khấu thương mại, trả lại hàng hoặc phát sinh nghĩa vụ thanh toán không dùng tiền mặt, kế toán bắt buộc phải thực hiện thủ tục khai bổ sung (Mẫu 01/KHBS) cho từng kỳ tính thuế tương ứng trong quá khứ. Việc này gây ra tình trạng “hồi tố” sổ sách kê khai, tạo áp lực công việc khổng lồ cho cả cơ quan thuế lẫn người nộp thuế.
Bước sang giai đoạn áp dụng Thông tư 89/2026/TT-BTC (hướng dẫn Luật Quản lý thuế số 108/2025/QH15 và Nghị định 252/2026/NĐ-CP), triết lý quản lý đã chuyển dịch từ “truy vết hồi tố” sang “ghi nhận điều chỉnh tại kỳ hiện tại”. Theo Mẫu số 01-GTGT Phụ lục I ban hành kèm Thông tư 89/2026/TT-BTC, người nộp thuế được phép sử dụng chỉ tiêu [37] (Điều chỉnh giảm thuế GTGT đầu vào) và chỉ tiêu [38] (Điều chỉnh tăng thuế GTGT đầu vào) của kỳ phát hiện nghiệp vụ để ghi nhận biến động, hoàn toàn không phải bổ sung hồ sơ khai thuế đối với kỳ gốc.
2. Chi Tiết 5 Trường Hợp Không Phải Bổ Sung Hồ Sơ Khai Thuế GTGT
Căn cứ hướng dẫn tại Mẫu số 01-GTGT Phụ lục I ban hành kèm Thông tư 89/2026/TT-BTC, dưới đây là 5 trường hợp cụ thể người nộp thuế thực hiện điều chỉnh trực tiếp vào Tờ khai thuế GTGT kỳ phát hiện mà không phải bổ sung hồ sơ khai thuế:
Trường Hợp 1: Hàng Hóa, Dịch Vụ Mua Trả Chậm, Trả Góp Từ 5 Triệu Đồng Trở Lên
Quy định về chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt đối với hàng hóa, dịch vụ mua trả chậm, trả góp có giá trị từ 5 triệu đồng trở lên (đã bao gồm thuế GTGT) được làm rõ theo cơ chế điều chỉnh linh hoạt:
Tại kỳ tính thuế đến hạn thanh toán theo hợp đồng/phụ lục hợp đồng: Nếu doanh nghiệp chưa có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt, cơ sở kinh doanh phải chủ động kê khai điều chỉnh giảm số thuế GTGT đầu vào tương ứng vào chỉ tiêu [37] của Tờ khai thuế GTGT kỳ đó. Quá trình này diễn ra trực tiếp tại kỳ phát sinh nghĩa vụ thanh toán, doanh nghiệp không phải bổ sung hồ sơ khai thuế của kỳ đã kê khai khấu trừ ban đầu.
Tại kỳ tính thuế thực tế thanh toán: Sau khi đã điều chỉnh giảm vào chỉ tiêu [37], nếu doanh nghiệp thu xếp được chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt, doanh nghiệp có quyền kê khai khấu trừ lại số thuế GTGT này bằng cách ghi tăng vào chỉ tiêu [38] trên Tờ khai 01/GTGT của kỳ tính thuế phát sinh chứng từ thanh toán.
Trường Hợp 2: Phát Hiện Kê Khai Sai, Sót Thuế GTGT Đầu Vào
Đây là bước tiến lớn giúp gỡ rối cho công tác kế toán. Trường hợp người nộp thuế tự phát hiện số thuế GTGT đầu vào đã kê khai, khấu trừ bị sai hoặc sót:
Điều kiện áp dụng: Việc phát hiện sai sót thuế GTGT đầu vào được thực hiện vào tháng/quý hiện tại, và việc điều chỉnh sai sót này ở kỳ gốc chỉ làm giảm số thuế phải nộp hoặc chỉ làm tăng/giảm số thuế GTGT còn được khấu trừ chuyển kỳ sau.
Phương pháp xử lý: Người nộp thuế kê khai trực tiếp số thuế điều chỉnh vào chỉ tiêu [37] (nếu điều chỉnh giảm khấu trừ) hoặc chỉ tiêu [38] (nếu điều chỉnh tăng khấu trừ) của Tờ khai thuế GTGT tháng/quý phát hiện sai sót. Doanh nghiệp không phải bổ sung hồ sơ khai thuế gửi cơ quan thuế cho kỳ tính thuế xảy ra sai sót ban đầu.
Trường Hợp 3: Người Mua Nhận Hóa Đơn Điều Chỉnh, Hóa Đơn Thay Thế
Trong quá trình giao dịch thương mại, việc người bán lập hóa đơn điều chỉnh hoặc hóa đơn thay thế do điều chỉnh giá, trả lại hàng hóa, chiết khấu thương mại, hoặc điều chỉnh sau quyết toán là nghiệp vụ diễn ra thường xuyên (quy định tại khoản 5 Điều 10 Thông tư 91/2026/TT-BTC).
Phương pháp xử lý: Khi nhận được hóa đơn điều chỉnh hoặc hóa đơn thay thế hợp lệ từ bên bán, bên mua không cần lật lại hồ sơ kỳ cũ để khai bổ sung. Bên mua chỉ cần kê khai số thuế GTGT chênh lệch vào chỉ tiêu [37] hoặc chỉ tiêu [38] trên Tờ khai 01/GTGT của kỳ tính thuế nhận được hóa đơn điều chỉnh, thay thế đó.
Ý nghĩa: Quy định này xác nhận rằng nghĩa vụ thuế của bên mua phát sinh tại thời điểm tiếp nhận hóa đơn hợp pháp, do đó không phải bổ sung hồ sơ khai thuế cho các kỳ trước.
Trường Hợp 4: Chuyển Đổi Từ Phương Pháp Khấu Trừ Sang Phương Pháp Trực Tiếp
Khi người nộp thuế đáp ứng điều kiện hoặc chủ động chuyển đổi phương pháp tính thuế GTGT từ phương pháp khấu trừ sang phương pháp tính trực tiếp trên doanh thu:
Phương pháp xử lý: Đối với số thuế GTGT đầu vào chưa được khấu trừ hết tính đến thời điểm chuyển đổi, doanh nghiệp không được chuyển sang phương pháp trực tiếp để tiếp tục khấu trừ, cũng không lập hồ sơ xin hoàn thuế nếu không đủ điều kiện. Thay vào đó, doanh nghiệp thực hiện kê khai điều chỉnh giảm toàn bộ số thuế GTGT chưa được khấu trừ hết vào chỉ tiêu [37] tại Tờ khai thuế GTGT của kỳ tính thuế cuối cùng trước khi chuyển đổi phương pháp.
Hệ quả: Doanh nghiệp hoàn tất nghĩa vụ khấu trừ ngay tại tờ khai cuối cùng, không phải bổ sung hồ sơ khai thuế đối với các kỳ kê khai trước đó.
Trường Hợp 5: Chuyển Số Thuế GTGT Còn Được Khấu Trừ Trong Các Trường Hợp Đặc Biệt
Quy định áp dụng đối với các trường hợp dịch chuyển số thuế GTGT còn được khấu trừ nhưng chưa đề nghị hoàn giữa các đơn vị hoặc các giai đoạn hoạt động:
Số thuế GTGT dự án đầu tư: Số thuế GTGT còn được khấu trừ chưa đề nghị hoàn của dự án đầu tư (đã kê khai riêng trên tờ khai Mẫu 02/GTGT) khi dự án đi vào hoạt động được chuyển cho chủ đầu tư hoặc đơn vị được giao quản lý tiếp tục khấu trừ.
Số thuế GTGT khi tổ chức lại doanh nghiệp hoặc chấm dứt đơn vị phụ thuộc: Số thuế GTGT còn được khấu trừ của hoạt động sản xuất kinh doanh thuộc đơn vị phụ thuộc khi chấm dứt hoạt động, hoặc của doanh nghiệp bị chia, tách, sáp nhập, hợp nhất.
Phương pháp xử lý: Các số thuế này được kết chuyển trực tiếp vào tờ khai kỳ hiện tại của đơn vị tiếp nhận thông qua các chỉ tiêu điều chỉnh tương ứng theo hướng dẫn, người nộp thuế không phải bổ sung hồ sơ khai thuế của các kỳ đã lập trước khi chia tách, sáp nhập hay hoàn thành dự án.
3. Hướng Dẫn Kê Khai Chỉ Tiêu [37] Và [38] Theo Thông Tư 89/2026/TT-BTC
Sự thay đổi cấu trúc kê khai theo Thông tư 89/2026/TT-BTC đòi hỏi bộ phận kế toán phải nắm rõ nguyên tắc vận hành của hai chỉ tiêu then chốt [37] và [38].
Phân Bỏ Và Bản Chất Của Chỉ Tiêu [37] Và [38]
Chỉ tiêu [37] – Điều chỉnh giảm thuế GTGT còn được khấu trừ của các kỳ trước: Dùng để ghi nhận toàn bộ số thuế GTGT đầu vào giảm khấu trừ phát sinh do: hàng trả chậm không có chứng từ thanh toán; hóa đơn điều chỉnh giảm từ bên bán; điều chỉnh giảm do sai sót kỳ trước (mà chỉ làm giảm khấu trừ/giảm thuế phải nộp); hoặc kết chuyển giảm khi chuyển phương pháp tính thuế.
Chỉ tiêu [38] – Điều chỉnh tăng thuế GTGT còn được khấu trừ của các kỳ trước: Dùng để ghi nhận số thuế GTGT đầu vào được tăng khấu trừ phát sinh do: đã bổ sung chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt cho hàng trả chậm; nhận hóa đơn điều chỉnh tăng từ bên bán; hoặc điều chỉnh tăng do bỏ sót hóa đơn đầu vào của các kỳ trước (trong trường hợp không làm tăng số thuế phải nộp của kỳ gốc).
Bảng So Sánh Cơ Chế Kê Khai Thuế GTGT Giữa Quy Định Cũ Và Thông Tư 89/2026/TT-BTC
| Tiêu chí so sánh | Quy định cũ (Thông tư 80/2021/TT-BTC) | Quy định mới (Thông tư 89/2026/TT-BTC) |
| Khai sai sót thuế GTGT đầu vào | Phải lập hồ sơ khai bổ sung (Mẫu 01/KHBS) cho đúng kỳ tính thuế phát sinh sai sót. | Kê khai thẳng vào chỉ tiêu [37]/[38] của kỳ phát hiện (nếu không làm tăng thuế phải nộp kỳ gốc). Không phải bổ sung hồ sơ khai thuế. |
| Xử lý hóa đơn điều chỉnh/thay thế | Phải lập hồ sơ khai bổ sung cho kỳ lập hóa đơn gốc tùy thuộc vào bản chất điều chỉnh. | Kê khai vào chỉ tiêu [37]/[38] của kỳ tính thuế nhận hóa đơn điều chỉnh/thay thế. Không phải bổ sung hồ sơ khai thuế. |
| Hàng trả chậm không có chứng từ ngân hàng | Khai bổ sung giảm khấu trừ tại kỳ phát sinh nghĩa vụ thanh toán theo hợp đồng. | Khai giảm vào chỉ tiêu [37] tại kỳ đến hạn thanh toán; khi thanh toán xong khai tăng vào chỉ tiêu [38] kỳ có chứng từ. |
| Tác động đến sổ sách kế toán | Phải điều chỉnh lại số liệu kê khai thuế của các kỳ quá khứ, gây lệch giữa Tờ khai thuế và Sổ kế toán. | Dữ liệu kê khai đi liền với thực tế phát sinh tại kỳ hiện tại, đảm bảo tính liên tục và giảm tải thủ tục hành chính. |
4. Trọn Bộ Hồ Sơ Khai Thuế GTGT Chuẩn Chuẩn Pháp Lý Năm 2026
Nhằm giúp doanh nghiệp thực hiện đúng quy định về hồ sơ khai thuế GTGT áp dụng cho các kỳ tính thuế từ tháng 07/2026 hoặc quý 3/2026 trở đi, Phụ lục I ban hành kèm Thông tư 89/2026/TT-BTC quy định trọn bộ hệ thống mẫu biểu kê khai như sau:
Hồ Sơ Khai Thuế GTGT Theo Phương Pháp Khấu Trừ
1. Đối với hoạt động sản xuất kinh doanh thông thường:
Mẫu 01/GTGT: Tờ khai thuế giá trị gia tăng (Áp dụng cho người nộp thuế tính thuế theo phương pháp khấu trừ có hoạt động sản xuất kinh doanh).
Mẫu 01-2/GTGT: Bảng kê hóa đơn, chứng từ hàng hóa, dịch vụ mua vào (kèm theo Tờ khai 01/GTGT).
Mẫu 01-3/GTGT: Phụ lục bảng phân bổ số thuế giá trị gia tăng phải nộp đối với hoạt động kinh doanh xổ số điện toán.
Mẫu 01-6/GTGT: Phụ lục bảng phân bổ số thuế giá trị gia tăng phải nộp (Trừ hoạt động thủy điện và xổ số điện toán).
Mẫu 01-7/GTGT: Bảng phân bổ số thuế giá trị gia tăng đầu vào cho các đơn vị phụ thuộc không trực tiếp kê khai.
Mẫu 01-8/GTGT: Phụ lục thông tin đề nghị hoàn thuế giá trị gia tăng.
Mẫu 05/GTGT: Tờ khai thuế giá trị gia tăng áp dụng riêng cho hoạt động xây dựng, chuyển nhượng bất động sản ngoại tỉnh (khai theo từng lần phát sinh hoặc theo tháng/quý).
2. Đối với dự án đầu tư thuộc diện hoàn thuế:
Mẫu 02/GTGT: Tờ khai thuế giá trị gia tăng áp dụng cho người nộp thuế tính thuế theo phương pháp khấu trừ có dự án đầu tư thuộc diện được hoàn thuế GTGT.
Hồ Sơ Khai Thuế GTGT Theo Phương Pháp Trực Tiếp
Mẫu 03/GTGT: Tờ khai thuế giá trị gia tăng áp dụng đối với hoạt động mua bán, chế tác vàng, bạc, đá quý (tính thuế theo phương pháp trực tiếp trên giá trị gia tăng).
Mẫu 04/GTGT: Tờ khai thuế giá trị gia tăng áp dụng đối với người nộp thuế tính thuế theo phương pháp trực tiếp trên doanh thu (tỷ lệ % trên doanh thu).
5. Phân Tích Lợi Ích Và Rủi Ro Kế Toán Cần Lưu Ý
Lợi Ích Khi Áp Dụng Quy Định Mới
Cắt giảm thủ tục hành chính: Doanh nghiệp loại bỏ được hàng loạt thao tác lập Tờ khai bổ sung 01/KHBS, Bản giải trình khai bổ sung, và việc gửi lại văn bản cho cơ quan thuế đối với từng lỗi nhỏ.
Giảm thiểu tiền chậm nộp: Các điều chỉnh sai sót không làm phát sinh tăng số thuế phải nộp ở kỳ gốc được xử lý gọn gàng ở kỳ hiện tại, giúp doanh nghiệp tránh bị tính tiền chậm nộp 0,03%/ngày một cách không đáng có.
Đồng bộ dữ liệu kê khai: Giúp dòng tiền thuế kê khai khớp với thời điểm ghi nhận hóa đơn/chứng từ thực tế trong sổ sách kế toán, hạn chế chênh lệch giữa báo cáo tài chính và hồ sơ thuế.
5 Rủi Ro Kế Toán Cần Nhận Diện
Mặc dù quy định mở rộng các trường hợp không phải bổ sung hồ sơ khai thuế mang lại nhiều thuận lợi, kế toán vẫn cần lưu ý các rủi ro pháp lý sau:
Nhầm lẫn phạm vi điều chỉnh: Nếu sai sót ở kỳ gốc làm tăng số thuế phải nộp hoặc làm giảm số thuế được hoàn, doanh nghiệp bắt buộc phải lập hồ sơ khai bổ sung Mẫu 01/KHBS cho kỳ gốc chứ không được tự ý đưa vào chỉ tiêu [37], [38] kỳ hiện tại.
Bỏ sót thời điểm kê khai chỉ tiêu [37]: Đối với hàng hóa mua trả chậm từ 5 triệu đồng trở lên, nếu đến hạn thanh toán theo hợp đồng mà chưa thanh toán qua ngân hàng nhưng kế toán quên điều chỉnh giảm vào chỉ tiêu [37], doanh nghiệp sẽ bị truy thu thuế và xử phạt vi phạm hành chính khi thanh tra thuế.
Trùng lặp kỳ kê khai: Khai tăng chỉ tiêu [38] nhưng lại quên kiểm tra xem trước đó đã kê khai khấu trừ hoặc đã ghi giảm chỉ tiêu [37] hay chưa, dẫn đến hành vi kê khai trùng lặp thuế GTGT đầu vào.
Áp dụng sai mẫu biểu chuyển tiếp: Áp dụng Tờ khai Mẫu 01/GTGT theo Thông tư 89/2026/TT-BTC cho các kỳ tính thuế trước ngày 01/07/2026 (ví dụ: kỳ tháng 6/2026 hoặc quý II/2026 vẫn phải áp dụng mẫu cũ theo Thông tư 80/2021/TT-BTC).
6. Lộ Trình Chuyển Đổi Và Khuyên Dùng Cho Doanh Nghiệp
Để đảm bảo tuân thủ mượt mà các quy định tại Thông tư 89/2026/TT-BTC, bộ phận Tài chính – Kế toán tại các doanh nghiệp nên chủ động triển khai các bước sau:
Rà soát hệ thống phần mềm kế toán: Cập nhật phần mềm kế toán và phần mềm kê khai thuế (HTKK) lên phiên bản mới nhất hỗ trợ các chỉ tiêu [37], [38] theo đúng Mẫu 01/GTGT ban hành kèm Thông tư 89/2026/TT-BTC.
Phân loại các khoản điều chỉnh: Chuẩn hóa quy trình phân loại sai sót: Xác định rõ trường hợp nào thuộc diện không phải bổ sung hồ sơ khai thuế (đưa vào chỉ tiêu [37]/[38]) và trường hợp nào bắt buộc phải lập hồ sơ khai bổ sung cho kỳ gốc.
Theo dõi chặt chẽ hợp đồng mua trả chậm: Lập sổ theo dõi riêng các hợp đồng mua hàng trả chậm, trả góp có giá trị từ 5 triệu đồng trở lên, đánh dấu chính xác các mốc thời gian hạn thanh toán để kịp thời kê khai chỉ tiêu [37] hoặc [38] đúng kỳ.
Lưu trữ hồ sơ chứng minh: Dù không phải nộp hồ sơ khai thuế bổ sung, doanh nghiệp vẫn phải lưu trữ đầy đủ các chứng từ gốc (hóa đơn điều chỉnh, biên bản trả lại hàng, chứng từ thanh toán ngân hàng, hợp đồng…) để giải trình khi cơ quan thuế thực hiện kiểm tra, thanh tra.
Kết Luận
Nắm vững các trường hợp không phải bổ sung theo Thông tư 89/2026/TT-BTC là chìa khóa quan trọng giúp doanh nghiệp tối ưu hóa quy trình quản lý thuế, tiết kiệm nguồn lực và giảm thiểu rủi ro pháp lý. Việc chuyển đổi cơ chế điều chỉnh trực tiếp thông qua chỉ tiêu [37] và [38] trên Tờ khai 01/GTGT kỳ hiện tại thể hiện tinh thần cải cách hành chính mạnh mẽ của Bộ Tài chính. Doanh nghiệp cần chủ động cập nhật quy định, chuẩn hóa dữ liệu đầu vào và áp dụng đúng hệ thống biểu mẫu hồ sơ khai thuế mới nhất từ kỳ tính thuế tháng 7/2026 hoặc quý 3/2026 trở đi để đảm bảo sự tuân thủ tuyệt đối và bền vững.
Để quản trị tài chính doanh nghiệp tốt hơn, các chủ doanh nghiệp nên tham khảo khoá học Quản trị Tài chính Kế toán dành cho Chủ Doanh nghiệp của ACAC Academy
CẬP NHẬT CÁC BẢN TIN THUẾ & KẾ TOÁN MỚI NHẤT tại đây:
- Fanpage Dành cho CEO và chủ hộ kinh doanh: https://www.facebook.com/hocviendoanhnhan.acac
- Youtube: https://www.youtube.com/@ACACAcademyTaichinhketoanceo
- Fanpage Kế toán trưởng ACAC: https://www.facebook.com/acac.academy
- Fanpage Chuyên gia Hòa Lê: https://www.facebook.com/cghoaleacac
- Group Zalo Chia sẻ kiến thức, cập nhật quy định pháp luật & Lịch Đào tạo/Hội thảo miễn phí: https://zalo.me/g/nxp0vkhm2ommqsy3xa0r
